核酸是生物体内的遗传物质,蛋白质是生命活动过程的功能执行者。核酸通过转录、翻译合成蛋白质,蛋白质序列决定其结构,结构决定其功能。X-射线晶体衍射(X-ray),核磁共振(NMR)和低温冷冻电镜(Cryo-EM)是目前能够在原子水平上测定生物大分子三维结构的主要方法。当蛋白质在溶液中主要以单一构象存在,且分子量不超过25 kDa时,其三维原子水平的NMR结构解析已成为常规。目前,蛋白质数据库(PDB)中的蛋白质的NMR结构已超过11,000个。前期解析的两个高质量的蛋白质NMR结构示意如下:
(Left) Photosystem II reaction center protein Psb28 from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (PDB ID 2KVO) (Proteins, 2011, 79: 340-344); (Right) The free Za domain of human DLM-1 (ZBP1/DAI) (PDB ID 2LNB) (J Biomol NMR, 2014, 60:189-195).
蛋白质在生物体内通过与其他生物分子相互作用,形成蛋白质-蛋白质/核酸/糖类/其他配体等各种复合体,进而执行其功能。因此,研究蛋白质复合体的结构与功能,是当前蛋白质NMR的主要发展趋势。我们应用传统的NMR方法,结合顺磁共振(EPR),在同源二聚体的结构解析及单体链的交换速率方面,发展了新方法。由于二聚体界面动力学的柔性影响,分子间NOE难于准确测定,通过引进顺磁标签到蛋白质的特定位置,一方面,应用EPR可以测定中、长程的单体间距离,有助于二聚体结构的解析(Top)(JACS, 2010, 132: 11910-11913);另一方面,将不同比例的顺磁标记和非标记的蛋白二聚体样品混合,检测随时间变化的DEER信号的强度变化,可以测定二聚体中单体链的交换速率(Bottom)(J Biomol NMR, 2013, 55: 47-58)。同时,应用顺磁PRE效应,在以上两部分的研究中,可以获得辅助信息或交叉验证的实验结果。
(Top) Homodimer structures of Dsy0195 from Desulfitobacterium hafniense. (A) NMR + EPR + PRE (PDB ID 2KYI); (B) Crystal (PDB ID 3IPF). (Bottom) Homodimer subunit exchange rate measurement using DEER method. (C) DEER experimental data; (D) Fitted line for homodimer subunit exchange rate.
本课题组在前期的研究基础上,应用NMR方法,结合其他生物技术手段,将从单一蛋白质的结构与功能的NMR研究,进一步聚焦到蛋白质与蛋白质、核酸等相互作用形成的复合物体系中。当前具体的研究方向有:
♦ 应用NMR结合其他生物物理技术(包括H-D交换质谱、SAXS与EPR等),发展蛋白质与核酸复合物结构解析的新方法;
♦ 蛋白质与核酸复合物(包括ssDNA,dsDNA和Z-DNA等)的结构与功能关系的NMR研究;
♦ 人体内癌症通路(Human Cancer Protein Interaction Network)蛋白质的结构与功能关系的NMR研究,比如TGIF1和INSM1等;
♦ 根瘤菌类活性化合物的NMR研究。